Admirał Kirk i załoga Enterprise stawiają tym razem czoła dawnemu wrogowi. Jest nim Khan Noonien Singh - kiedyś uwięziony przez Kirka na opuszczonej planecie przestępca - który pragnie zemsty. Zamierza tego dokonać przy pomocy Projektu Genesis - programu stworzonemu w celach pokojowych, który jednak może służyć również jako potężna broń. Przejmuje statek Federacji - USS Reliant i rozpoczyna realizację swojego planu...

Jest XXIII wiek. Krążownik Federacji U.S.S. Enterprise wyrusza z rutynową misją. Dla admirała Jamesa T. Kirka (William Shatner) ta inspekcja może być ostatnią kosmiczną podróżą w jego karierze. Do akcji wkracza jednak Khan (Ricardo Montalban) - przewrotny ziemski tyran z XX wieku. Wspomagany przez swą wyklętą załogę genetycznie udoskonalonych superludzi, Khan najechał Gwiezdną Bazę Reguła I, skąd wykradł Projekt Genesis, czyli ściśle tajne urządzenie, przejął kontrolę nad jednym ze statków Federacji i próbuje teraz zastawić śmiertelną pułapkę na swego wroga Kirka. Jeśli mu się uda, admirał zginie, a wszechświat czeka zagłada na skalę Armageddonu!