Bohaterowie Pradawnego Lądu: Liliput, Cera, Szpic, Pteruś i Kaczusia pojawiają się ponownie! Tym razem w muzycznej opowieści o cudownym odkryciu.
Ulewne deszcze utworzyły w Wielkiej Dolinie tajemniczą Nową Wodę. Liliput postanawia ją zbadać. Tam spotyka Mo, wesołe stworzenie podobne do delfina. Mo nie potrafi wrócić do domu, do Wielkiej Wody. Liliput i jego przyjaciele mu pomogą. Podczas wyprawy będą musieli uciekać przed Ostrozębem i nie raz wykazać się odwagą. Mali odkrywcy poznają wartość przyjaźni i dowiedzą się, jak różnorodny jest ich świat.
„Wyprawa nad Wielką Wodę” to nie tylko piękna opowieść, ale także zupełnie nowe piosenki, w tym „Żaden z nas tu nie jest sam” śpiewana przez Marka Molaka.

Burzowe chmury nadciągają nad Wielką Dolinę niosąc ze sobą ulewy i wichury. Kiedy w końcu na niebie pojawia się słońce, okazuje się, że długotrwałe opady wyrządziły mnóstwo szkód. Liliput szuka znajomych do zabawy, lecz wszyscy zajęci są odbudową swoich legowisk. Błąkający się samotnie po dolinie dinozaur natrafia na wielkie jezioro powstałe po ulewach. Podczas badania tej wielkiej wody spotyka on nowego przyjaciela, pływaka Mo.

W Wielkiej Dolinie trwa okres długotrwałych ulew. Znudzony Liliput ma już dość deszczu, ale przyjaciele nie mogą się z nim bawić. Cera pomaga ojcu usuwać powalone drzewa, Kaczusia oraz Szpic przenoszą gniazdo na suchszy teren, a Pteruś jest przeziębiony. Podczas samotnej przechadzki Liliput odkrywa, że spływająca z gór woda zalała sporą część doliny, tworząc olbrzymie jezioro. Bawiąc się nad brzegiem zbiornika, malec poznaje młodego ichtiozaura o imieniu Mo, którego sztorm porwał z morza. Gdy przedstawia go Cerze, Szpicowi, Kaczusi i Pterusiowi, nagłe trzęsienie ziemi odcina maluchom drogę powrotną. Odkrywszy, że w wodzie czyha groźny pliozaur, przyjaciele postanawiają odprowadzić Mo do jego domu w oceanie. Cała szóstka zmierza brzegiem rzeki ku morskiemu wybrzeżu, a ich śladem podąża głodny drapieżnik.